一質粒制備
1質粒的轉化和擴增
1.1制備XL1-Blue感受態細菌
1.取400uLXL1-Blue菌種加入到含200mlLB培養基的錐形瓶中,37℃、100rpm培養4h,離心,倒置,以冰冷的0.1mol/LCaCl_2重懸細菌,冰浴30min,離心,棄上清,倒置,再加4ml(含15%甘油)冰冷的CaCl2重懸細菌,分裝(200μ/tube),-80℃保存。
2.轉化:在冰浴中將1管XL1-Blue感受態菌解凍,將濃度為2ng/μ1的質粒DNA4μ1加入到8Oμ1感受態菌中。
3.輕輕搖勻,冰浴30min。
4.42℃熱激9O秒,然后迅速冰浴2min。
5.加入LB培養液(無氨芐青霉素)0.8ml,在37℃,100轉/min水浴孵育60min。
6.取200μl菌液鋪于瓊脂板上(涂有X-Gal(20mg/ml)-IPTG(200mg/ml)的LB-氨芐青霉素50mg/ml,1μl/ml培養基),待菌液全部被吸收后,倒置平板于37℃培養12-16h。
1.2鑒定和挑選含重組質粒的菌落
1.用無菌牙簽挑取單菌落,接種到10ml含氨芐青霉素的LB培養液的離心管中,于37℃,200轉/分培養2h,取1ml之一Eppendorf離心管,加50μl10mmol/LEDTA(pH8.0)。
2.加入50μl新配置的0.2mol/LNaOH、0.5%SDS、20%蔗糖溶液后,振蕩30秒。
3.在70℃溫育5min,然后冷卻到室溫。
4.加1.5μ14mol/LKCl和0.5μ1含0.4%溴酚蘭染液,振蕩3O秒后,冰浴5min。
5.12000g,4℃離以3min,以除去細菌碎片。
6.制備1%的瓊脂糖凝膠(含EB0.5μg/ml),取50μl上清液加入到樣品孔中,其中一孔加入中等分子量DNAMarker。恒壓50V,進行電泳。
7.當溴酚蘭遷移到凝膠全長的2/3-3/4時,停止電泳,在紫外燈下檢查質粒DNA分于量的大小是否與轉入質粒相符。
1.3質粒的擴增和純化
1.用無菌牙簽分別挑取單個白色菌落移入含30mlLB-氨芐青霉素(50μg/ml)培養液的聚丙烯管中,于37℃,200轉/分培養3h。
2.將菌液轉入含70mlLB-氨芐青霉素培養液的250ml錐形瓶中,37℃,200轉/分培養過夜(12-16h),細菌渾濁。
3.菌液中加入氯霉素液(34mg溶于lml乙醇,100ml菌液加入0.5ml氯霉素溶液,終濃度為170μ/ml)。37℃,200轉/分培養12-16h。
4.將培養的細菌倒入50ml的離心管中,6000rpm,4℃離,th,15min,沉淀細菌。
5.棄凈上清夜,用2ml預冷的溶液I,懸浮菌體沉淀,劇烈振蕩,于室溫靜置5min
6.加入新配制的溶液II4ml,快速用手晃動10秒,顛倒數次后,于室溫靜置10min。
7.加入預冷的溶液III3ml,溫和振蕩l0秒,于冰上靜置10min,出現白色絮狀沉淀。
8.6000rpm,4℃離心15min,保留上清。
9.將上清(若帶細菌殘片,則再次離心)移入另一50ml的離心管中,加入0.6倍體積的異丙醇混勻,于室溫靜置10min。(或-20℃4h,或4℃過夜,可便核酸沉淀)
10.12000rpm,4℃離心15min,回收核酸。小心棄去上清,倒置離心管使殘兼上清液流盡。
11.于室溫用70%的乙醇洗滌沉淀物和管壁,室溫12000rpm離心,15min,充分棄去乙醇,于室溫將離心管倒置在紙巾上,使zui后殘余的痕量乙醇揮發殆盡。
12.用500μlTE(pH8.0)溶解核酸沉淀,轉移至1.5mlEppendorf管中。
13.加入用冰預冷的5mol/L的LiCl溶液600μl,充分混勻。12000rpm,4℃離心15min,以沉淀高分子量的RNA。
14.將上清轉移到另一1.5mlEppendorf管中,加等量異丙醇,充分混勻,于室溫靜置10min。
15.12000rpm,4℃離心15min,回收核酸。小心棄去上清,倒置離心管使殘余上清液流盡。
16.于室溫用70%的乙醇洗滌沉淀物和管壁,室溫12000rpm離心,15min,充分棄去乙醇,于室溫將離心管倒置在紙巾上,使zui后殘余的痕量乙醇揮發殆盡。
17.400μl含無DNA酶的RNA酶(20μg/ml)的TE緩沖液(pH8.0)溶解沉淀,將溶液轉移到另-1.5mlEppendorf管中,室溫放置1.5mlEppendorf管中30min。
18.加入400μl13%(v/v)的PEG8000-NaCl(1.6mol/L),混勻,4℃12000rpm離心5min以回收質粒DNA,棄去上清。
19.加入400μlTE緩沖液(pH8.O)溶解沉淀,再分別用等體積的Tris飽和酚、酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)、和氯仿各抽提一次。
20.將水相(上清)移入另一1.5mlEppendorf管中,加入O.1體積(約50μ13M的醋酸鈉(pH5.2)和2倍體積(大約1ml)的無水乙醇,充分混勻后于4℃放置30min。
21.于4℃12000rpm離心5min回收沉淀的質粒DNA。盡可能棄去上清,敞開管口,置工作臺上使殘留的痕量乙醇蒸發殆盡。
22.加入400μl處于4℃的70%乙醇,稍加振蕩,漂洗沉淀,4℃12000rpm離心2min。
23.吸去上清,室溫敞開管口,直到乙醇*揮發。
24.用100μlTE緩沖液(pH8.0)溶解沉淀。
25.取4μl溶液1:100稀釋后,測定其OD260、OD280,以確定質粒DNA的純度和濃度(OD260/OD280>1.8。OD260/OD280對DNA而言其值大約為
1.8,高于2.0則可能有RNA污染,低于1.8則有蛋白質污染。;DNA濃度=OD260X0.05X稀釋倍數(μg/μl)。
26.質粒DNA溶液于-20℃保存待用。
二、cRNA探針的標記
1.將質粒DNA,用相應的限制性內切酶線性化,通過瓊脂糖凝膠電泳以確保*線性化。
2.線性化后的DNA按“質粒的純化”步驟19-24進行純化,作為cRNA探針標記的模板,用相應的RNA聚合酶合成地高辛標記的反義和正義RNA探針。
3.進行體外轉錄,步驟如下:
4.在冰上將各試劑加入一1.5ml無RNA酶的Eppendorf管中。DEPC處理的三蒸水8μl
質粒DNA模板0.05μg/μl 1μl
10xNTP地高辛標記混合物 1x 2μl
0.1MDTT溶液 10mM 2μl
5x轉錄緩沖液1x 4μl
RNAse抑制劑 2U/μl1μl
RNA聚合酶 2U/μl 2μl
反應體系總體積 20μl
5.加入上述各試劑后,混勻,簡短離心后在37℃孵育2h。
6.加入2μl無RNA酶的DNA酶I(10U/μ1),37℃孵育15min降解模板DNA。
7.加入0.2MEDTA(pH8.0)溶液2μl終止反應。
8.加入2.5μl的4MLicl和7.5μl冷的無水乙醇,混勻,-20℃放置2h。
9.12000g下離以15min,棄上清,小心地用50μl冷的70%乙醇洗滌沉淀。
10.室溫下稍干燥,溶于100μ1DEPC處理過的三蒸水中,混勻分裝,-20℃下保持備用。
三、原位雜交
3.1冰凍切片與雜交前預處理
1.將子宮樣品從-80℃取出,用OCT包埋,在-23℃(切片機腔體溫度)平衡至少30min。將包埋好的樣品固定在樣品頭上,切10μm厚的連續組織切片,平鋪于涂有多聚賴氨酸(1mg/m1)的玻片上(玻片預先經180℃干烤6小時),保存于-70℃冰柜備用。
2.冰凍切片經室溫干燥10min后,在4%的多聚甲醛-PBS(pH7.4)固定l0min。
3.活躍的DEPC-PBS(未高壓的0.1%DEPC-1XPBS溶液)洗2次,每次5min。
4.在0.2M的鹽酸作用中作用10min后,重復步驟4)。
5.在切片上滴加蛋白酶K(0.1μg/m1),37℃孵育15min,重復步驟4)。
6.經0.1MTEA(三乙醇胺)作用5min后,再在新配制的0.25%AA/0.1MTEA(乙酸酐/三乙醇胺,pH8.0)中乙酰化10min。(在大多數實驗中,步驟4,5,6省略)
7.5xSSC中平衡15min。
3.2雜交
8.在脫水后的玻片上滴加預雜交液(約100μl/玻片),置于放有濕盒液(50%甲酰胺v/v;0.3MNaCl;1MmEDTA;10mMTris-Cl,pH8.O)的濕盒中,55~58℃下的烘箱中預雜交2h。
9.甩掉預雜交液,地高辛標記的反義或正義cRNA探針(濃度1-2ng/μl)經70℃變性1O分鐘,置冰上1min,玻片上滴加預雜交液(約60μl/玻片),覆蓋parafilm膜,放濕盒中在48~58℃下雜交18-30h。
3.3雜交后處理
10.取出玻片,小心去掉Parafilm膜,甩掉雜交液,用52℃預熱的5×SSC洗30min。
11.在無DNA的RNA酶A(20μg/ml)溶液中37℃下孵育30min。
12.分別依次用52℃預熱的2XSSC,1XSSC和O.1XSSC洗2次,每次30min。
3.4雜交信號檢測
13.在緩沖液A(0.1MTris-HC1pH7.5,0.15MNaC1)中平衡5min。
14.在玻片上滴加堿性磷酸酶的抗地高辛抗體(1:500~1:2000稀釋于含0.5%阻斷液的緩沖液A中),室溫反應2h。
15.用緩沖液A洗2次,每次15min。
16.在緩沖液B(0.1MTris-HCl;0.1MNaCl;0.05MMgCl_2,pH9.5)中平衡5min。
17.硝基四氮唑藍(NBT)和5-溴-4-氯-3-吲哚氧磷酸鹽(BCIP)溶于緩沖液B中,每ml緩沖液B含有4.5μ1NBT和3.5μ1BCIP。在玻片上滴加混合染液在濕盒中顯色過夜。
18.充分顯色后,用EDTA(1mMEDTA,pH8.0)洗15min終止反應。
19.在95%乙醇中洗lh以除去非特異的背景。
20.用蒸餾水洗15min除去可能存在的結晶體。
21.脫水、透明,用中性樹膠封片。
22.充分干燥后在顯微鏡下觀察、照相。