溴化乙錠是強誘變劑，并有中度毒性。取用含有這一染料的溶液時務必戴上手套，溶液使用后應按下面介紹的方法之一進行凈化處理。
1. 溴化乙錠濃溶液（即濃度>0.5mg/ml 的溴化乙錠溶液）的凈化處理
方法一：用沙門氏菌-微粒體測定法表明，本方法可使EB的誘變活性降至原來的1/200 左右。
（1） 加入足量的水使EB的濃度降低至0.5mg/ml以下。
（2） 在所得的溶液中加入0.2體積的新配制的5%次磷酸和0.12體積的新鮮配置的0.5mol/L亞硝酸鈉，小心混勻。切記：檢測該溶液的pH值應<3.0，市售次磷酸一般為50%溶液，具有腐蝕性，應小心操作，必須在臨用前現用現稀釋。亞硝酸鈉溶液（0.5mol/L）的配法：用水溶解34.5g亞硝酸鈉并定容至終體積500ml，現用現配。
（3） 于室溫溫育24小時后，加入大大過量的1mol/L碳酸氫鈉，該溶液可予丟棄。
方法二：用沙門氏菌-微粒體測定法檢查，經用本方法處理后，可使EB的誘變活性降低至原來的1/3000左右。但也有報告稱，在用凈化溶液處理的空白樣品中，偶爾有一些仍具有誘變活性。
（1） 加入足量的水使EB的濃度降低至0.5mg/ml 以下。
（2） 加入1倍體積的0.5mol/L KMnO4，小心混合后再加入1倍體積的2.5mol/L HCl，小心混勻，于室溫放置數小時。
（3） 加入1倍體積的2.5mol/L NaOH，小心混合后可丟棄該溶液。
2. EB稀溶液（如含有0.5μg/ml EB的電泳緩沖液）的凈化處理
方法一
（1） 每100ml溶液中加入2.9g Amberlite XAD-16，這是一種非離子型多聚吸附劑，可向Rohm & Haas公司購置。
（2） 于室溫放置12小時，不時搖動。
（3） 用Whatman 1號濾紙過濾溶液，丟棄濾液。
（4） 用塑料袋封裝濾紙和Amberlite樹脂，作為有害廢物予以丟棄。
方法二
（1） 每100ml溶液中加100mg粉狀活性炭。
（2） 于室溫放置1小時，不時搖動。
（3） 用Whatman 1號濾紙過濾溶液，丟棄濾液。
（4） 用塑料袋封裝濾紙和活性炭。
注：用次氯酸（漂白劑）處理EB稀釋液并不可取；EB在262℃分解，在標準條件進行焚化后不可能再有危害性；Amberlite XAD-16 或活性炭可用于凈化被EB污染的物體表面。
